細胞培養中的污染分為兩類，化學污染和生物污染。

化學污染

化學污染是一些對細胞有毒性的或對細胞產生刺激的化學物質。這些污染一般來自于沒有洗凈的器皿、不純的化學試劑和質量較差的蒸餾水等。

化學污染中比較引人注意的是**內**。它是革蘭氏陰性**細胞死亡后解體釋放出的疏水性的細胞壁組成物質，對塑料等疏水性強的物質有很強的吸附能力。**內**可刺激部分細胞產生一些**或細胞因子，對細胞生長和實驗結果產生影響。**內**是臨床上的*主要的熱原（即注射到動物體內會導致動物發熱），所以通過細胞培養生產的疫苗、細胞因子等用在臨床上的藥品的生產過程中更是要避免**內**的污染。

生物污染

生物污染包括比較容易發現的**、霉菌和酵母的污染，和較難發現的病毒、支原體和其他細胞的污染。

**、霉菌和酵母到處存在，它們能在合適的環境中非常快速的生長。這些污染比較容易觀察到，它們往往會使其污染的培養液產生可見的變化，或者通過顯微鏡觀察就可以看見。

由于病毒有種屬特異性，所以病毒污染的概率比較小。但是病毒污染難于發現，因為病毒顆粒特別微小，一般的實驗室都沒能力檢查細胞培養中污染的病毒。由于病毒一般潛伏在細胞內，對整個細胞培養不是致死的，所以它可能會使研究人員長期得到受病毒影響的細胞的實驗結果。

1956 年 Robinson 及其同事**發現細胞培養中的支原體污染。90年代初美國的一個調查發現，在該國的細胞培養中，至少有15%被支原體污染。由于支原體沒有細胞壁，在細胞培養液中幾乎是透明的，同時對常用于細胞培養中的***不敏感，不引起 pH 變化，不使培養液渾濁，所以支原體污染不容易被發現，但是其存在會影響實驗的結果。

細胞的交叉污染在細胞培養中發生的嚴重程度大大超過人們的想象：1981 年對ATCC細胞株的調查顯示：超過 60 標記為其他細胞株的細胞居然是 HeLa 細胞。